岛原和天草是天主教在日本的传教中心。先后领有该地的大名天草种元、小西行长和有马睛信都是天主教徒。从1612年起,江户幕府在实行锁国政策同时,加强了对天主教徒的镇压(上文写成基督教了),松仓重政继有马直纯领有岛原后,用灌凉水、火烤、烙印、针扎、竹锯锯首、滚开的硫黄水浇头等毒刑强迫信徒改宗。他还在领地内大兴土木,为了讨好幕府,主动承担巨额军赋,支援修筑江户城,加重了农民的负担。其子松仓胜家袭封后,巧立名目,盘剥尤为苛酷。1634年后,连年歉收,农民无力完纳年贡和各项杂税,松仓胜家对农民施加各种酷刑。与岛原一水之隔的天草岛领主寺泽氏,也采取同样手段迫害农民与天主教徒。
崇祯十年年10月25日,口之津农民首先起义,附近各村纷纷响应,逐杀官吏,天草的农民和教徒也开始行动。起义群众推选少年益田时贞(亦称天草四郎)为首领,只有十六岁的天草由于长相美貌,被认为是天主派来与幕府战斗的使者。并以益田好次等天主教徒和浪人、武士充任参谋,很快控制了岛原半岛南部和天草的大部分。