马六甲城依海而建,不过它的主城区距离海边却有数里间隔,这样做主要就是为了防止当敌人从海上来攻时,他们能够在主城区前布下防御,避免让城市遭受太大的损失。但是马六甲城在建造时却忽略了一点,那就是旁边的马六甲河,海当潮汐上涨时,一些大船就能趁着这个机会进入河道,再配合火炮的射程,就能威胁到马六甲城的安全。
阿方索正是在上次试探中原现了马六甲城的这个弱点,所以在第二次进攻时,他将进攻的重点放在了马六甲河上,并没有急着去进攻港口的其它地方。
阿方索先是趁着潮汐上涨之时,指挥着一部分战舰进入马六甲河的河道,然后仗着火炮之利一路前行,并且很快占领了河上的大桥,这使得整条马六甲河的河道完全落入他的手中,马六甲人虽然组织了几次反攻,甚至还派出了王牌部队象兵,但他们的武器落后,在葡萄牙人犀利的火器面前,最后只能留下了一地的尸体,根本没有任何效果。