当襄阳、武昌等地接连失陷和左良玉部作乱的消息相继传来以后,崇祯皇帝决定由吴甡以辅臣的身分前往湖广督师。他在召对廷臣的时候流着泪对吴甡说:“卿多年在匪患猖獗之地任职,有战守韬略,可去湖广为朕督师。”
此前,除了崇祯初年的孙承宗和后来的杨嗣昌以外,督师大臣一般顶多挂兵部尚书衔,很少由内阁大学士直接担任。所以这次任命阁臣督师,可以看出崇祯皇帝是相当郑重的。
但吴甡对于这个任命却十分不情愿。他知道如今天下大势已去,官军很难节制,而“流寇”则根本没有可能剿灭。既然注定了不可能成功,出去督师就等于出去送死,不是死在农民军的手里,就是失败后被皇帝处死,或是像杨嗣昌那样死得不明不白,死后还要留下一世的骂名。
但身为大臣,吴甡又不能不为君王效命,强不可为而为之。他在接受任命后提出:一要有精兵三万由自己亲自统辖;二应先沿运河南下到南京,再相机溯江而上,进可讨贼,退可保卫南都及江南富饶之区。