Tiga ratus juta tahun yang lalu, perang besar pertama di seluruh alam semesta terjadi. Tujuh Makhluk Ilahiah yang memiliki kekuatan hukum masing-masing terlibat dalam pertempuran epik yang menentukan nasib dunia. Ai Saraswati, Ryu Shinnie, Permana Esa, Gelap permana bumi hitam, Ryu Jinnie, Ryu Shinjie, dan Akahashi Record adalah nama-nama yang dihormati di seluruh semesta.
Namun, kekuatan mereka yang begitu besar menyebabkan kehancuran yang tidak terbayangkan. Tuhan akhirnya memutuskan untuk memisahkan tiga dari Tujuh Makhluk Ilahiah tersebut. Ryu Shinnie, Permana Esa, dan Ryu Shinjie dihilangkan dari alam semesta dan setiap satu diantaranya ditempatkan di semesta yang berbeda.
Ryu Shinjie melahirkan tiga puteri yang ia lemparkan ke celah antar dimensi untuk melindungi mereka. Sayla Trihexia, Red Rose, dan Ophis hidup dalam keheningan dan kesendirian selama ratusan juta tahun, terus bertahan hidup dari zaman Azali hingga hari kiamat.
Kisah mereka berlanjut hingga suatu saat, ketika Ophis memutuskan untuk keluar dari celah dimensi. Ia bertemu dengan Red Rose, saudara perempuannya, dan pertikaian yang panjang dimulai. Ophis memasuki dunia manusia dengan cita-cita hidup damai, sementara Red Rose merupakan pemimpin bangsa Naga yang menjunjung tinggi kehormatan dan kekuasaan.
Sementara itu, di tengah perbincangan Trimurti Mitologi Hindu yang berkumpul setelah 50 ribu tahun, mereka memutuskan untuk mencari tahu kehancuran Nirvana yang disebabkan oleh Kaguya Otsutsuki, yang ingin memperluas kekuasaannya ke wilayah-wilayah lain.
Pada tahun 2019, dunia juga dihebohkan oleh wabah Covid-19 yang berasal dari kota Wuhan, China. Wabah ini menyebar dengan cepat dan menelan banyak korban jiwa di seluruh dunia.
Pada saat yang sama, di dunia supernatural di bawah sinar bulan purnama, seorang pemenang Cawan Suci keenam dan pencipta Chaldea, Marisbury Amnispure, menciptakan sistem operasi SCABA untuk melawan ancaman yang menghancurkan Nirvana.
Kembali ke tahun 548 Era Sihir hebat, di Hutan Neverland di Jerman Barat, Kerajaan Peri Neverland yang dipimpin oleh Raja Oberion Zergion dan Ratu Titania Vermilion diserang oleh Raja Iblis Leviathan dan Baelzebub. Pertarungan sengit terjadi dan kerajaan para peri mengalami kehancuran.
Mavis, salah satu puteri kerajaan, bersama adiknya Asuna, berangkat menuju Negeri Matahari Terbit untuk menemui Yasaka. Misi mereka adalah untuk menyerahkan sebuah surat penting yang memuat jawaban atas kehancuran kerajaan mereka.
Di perbatasan antara China dan Jepang, sebuah kapal angkatan laut dunia berpatroli untuk mencari tahu kabar mengenai bajak laut yang menawan puteri dari Dinasti Ming. Laksamana Sengoku dan Wakil Laksamana Garp diutus untuk membebaskan sang puteri dari tangan bajak laut.
Selama perjalanan mereka, kapal mereka tenggelam dan puteri ditawan. Mereka berusaha menyelamatkan sang puteri sebelum terlambat.
Dunia ini dipenuhi dengan berbagai kejadian yang tak terduga, perang antara kekuatan supernatural yang saling bertarung, dan pertarungan antara kebaikan dan kejahatan. Namun, di tengah semua itu, ada harapan untuk perdamaian dan keadilan di alam semesta yang luas.