A primeira fase do Desastre da Mutação foi um surto irregular em todo o planeta. Ela significou a primeira vez que a Fonte da Mutação controlou sua força. O primeiro sintoma da segunda fase foi o comportamento anormal de todos os indivíduos infectados ao mesmo tempo. Comparado à primeira fase, a Fonte da Mutação não estaria limitada a controlar indivíduos comuns. Certos soldados de elite e Supers mais fracos também poderiam se tornar alvos de seu controle. A mudança mais óbvia seria o fato de que os indivíduos infectados não agiriam mais aleatoriamente, mas sim como se tivessem um objetivo.
O comportamento objetivo dos indivíduos infectados foi o primeiro sinal de que a Fonte da Mutação estava ganhando inteligência. Comparado ao caos na primeira fase, a fuga de todos os refugiados foi devido ao controle da Fonte da Mutação.