登州失陷后,孙元化身陷囫囵,山东巡抚余大成却束手无策,整日只知闭门修斋诵经,被人讥讽为“白莲都院”。
崇祯五年正月十三日,叛军整编兵力,自登州出兵,攻破黄县。余大成被革职,被押往京城治罪,尚在登州的孙元化也被革去登莱巡抚的职务。
二十九日,总兵杨御蕃率通州兵、王洪率天津兵与叛军在掖县八十里外的新城镇接战,当时叛军有骑兵五千名、步卒万余,明军只有骑兵不足一千、步卒不足四千,结果王洪的天津兵未战先溃,叛军取其火炮攻击杨御蕃。明军最后星散四溃,仅杨御蕃率亲兵三百人退抵莱州。
二月初一,朝廷新任命的山东巡抚徐从治和登莱巡抚谢琏双双抵达莱州。
三月二十七日,兵部侍郎刘宇烈以督理的身分誓师从京城向莱州进发,共调集蓟门、密云等地的援兵和义勇乡兵,马步兵共计二万五千,随行的还有崇祯特特意拨付的六门红夷大炮,朝廷的援军向莱州云集。