特殊部門は、厳密に言えば警察機関には属していない。
彼らは独立して存在し、人類に危害を与える特殊な事件のみを扱う。
だから以前、海浜市で佐藤澄夫が殺人の濡れ衣を着せられた時、実際は誰かが感染症ウイルスを投与したのだが、村上隊長はこれが普通の事件ではないと敏感に察知し、担当することになったのだ。
残念ながら、当時毒を投与した人物はすでに逃げており、捕まえることができなかった。
特殊部門の敵は、闇に潜む邪悪な組織だ。
この組織は既に40年以上前に設立されたが、非常に巧みに隠れているため、一般の人々はこのような組織の存在を全く知らない。
組織の中核メンバーは、生物医学の各分野で著名な科学者たちであり、特殊部門の任務は、誰がその組織のメンバーなのかを識別・調査し、毒素や生物化学兵器を製造する者たちを捕らえることだ。